На верху фюзеляжа появился невысокий гаргрот, а под стабилизатором на каждом борту - по три воздухозаборника для охлаждения двигательного отсека. Для защиты от воздействия пороховых газов при стрельбе из пушек на фюзеляже сделали небольшие накладки. Позднее на пушки установили массивные дульные тормоза, увеличили фюзеляжные накладки, добавили еще по одному воздухозаборнику под стабилизатором, а на последи их сериях - удлинили форкиль. На МиГ-19С для ВВС ГДР в месте перехода форкиля в киль установили антенну радиокомпаса АРК-ЗА и переместили пилоны для блоков НУРС на переднюю кромку крыла.

В процессе развертывания серийного производства самолета изменения продолжали вносить. Причиной наиболее серьезной доработки стало неожиданное явление, с которым столкнулся летчик-инспектор ПВО В.Г.Иванов, облетывая СМ-9/2 осенью 1955 г. Осуществляя полет на сверхзвуке на высоте 11000 м, он ввел машину в глубокий вираж, после чего самолет внезапно стал вращаться с большой угловой скоростью и, перевернувшись в сторону крена, перешел в неуправляемое падение. Летчик предпринял несколько безрезультатных попыток вывести его из штопора. Надеясь, что с повышением плотности воздуха эффективность рулей возрастет, он переждал еще шесть витков, затем вновь повторил попытку - и опять неудача. Передав по радио: «Самолет потерял управление, катапультируюсь!». Иванов на высоте 3000м предпринял последнюю попытку спасти машину и перевел РУДы на режим «Максимал». Истребитель словно нехотя опустил нос и перешел в отвесное пикирование. В горизонтальный полет его удалось вывести на предельно малой высоте. Позже выяснилось, что при выполнении энергичного маневра на сверхзвуке горизонтальное оперение попало в зону сходящего с крыла возмущенного потока и потеряло эффективность. Чтобы уменьшить вероятность возникновения штопора, на серийных МиГ-19С стабилизатор перенесли вверх ближе к основанию киля. После этих доработок в конце 1955 г. начались госиспытания МиГ-19С, которые проводил тот же Иванов.